提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
线上线下优化服务促消费 燃旺寒冬“烟火气”******
央视网消息:这段时间,江西赣州迎来了冬季旅游的热潮,当地通过线上促销、线下优化服务等举措促进消费,燃旺寒冬“烟火气”。
在赣州大余丫山旅游度假区的农商街,很多人正在通过网络直播平台开启现场直播,以“边游边解说”的方式带着线上观众体验住宿环境。网络直播间通过打折促销的方式来销售民宿套餐和景区门票,推动线下消费。
在江西赣州全南县,举办的“寻年味·赏非遗”客家美食节,吸引众多慕名而来的市民和游客品尝独特的客家小吃。美食节活动现场,游客们不仅可以近距离观赏美食烹饪过程,享受味觉和视觉的双重盛宴,还能与家人、朋友分享品尝美食的幸福时光。
据统计,为促进冬季文旅商贸消费,赣州市自12月9日起开始发放冬季文旅电子消费券,截至目前,共发放三轮消费券,达到900万元,核销率超过81%,多措并举推动消费复苏回暖。
(文图:赵筱尘 巫邓炎)